2012年，貿(mào)仲委被指定為《海峽兩岸投資保護和促進協(xié)議》項下的投資爭端解決機構(gòu)之一，以調(diào)解方式解決臺灣投資者與內(nèi)地方的投資爭端。

2017年，貿(mào)仲委被指定為內(nèi)地與香港、澳門分別簽訂的《<關于建立更緊密經(jīng)貿(mào)關系的安排>投資協(xié)議》（簡稱“《CEPA投資協(xié)議》”）項下的內(nèi)地方調(diào)解機構(gòu)之一，港澳投資者可以依據(jù)《CEPA投資協(xié)議》第十九條的規(guī)定，向貿(mào)仲委申請調(diào)解其與內(nèi)地實施具體行政行為的特定部門或機構(gòu)之間的投資爭端。

貿(mào)仲委《CEPA投資協(xié)議》投資爭端調(diào)解規(guī)則已于2018年12月12日起生效實施。貿(mào)仲委CEPA投資爭端調(diào)解員名冊現(xiàn)有調(diào)解員55名，其中內(nèi)地38名，香港13名，澳門4名。

貿(mào)仲委將依托其豐富的爭議解決經(jīng)驗和爭議解決專家資源，公平高效地為當事人提供投資爭端調(diào)解服務，為促進內(nèi)地和臺港澳經(jīng)濟交往和相互投資的發(fā)展、完善我國投資爭端解決機制發(fā)揮積極作用。